La présence des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP et B[a]P) dans l'environnement résulte de la combustion incomplète des matières organiques Les HAP des alumineries se retrouvent directement dans le Saguenay sous forme de rejets liquides ou indirectement par les émissions atmosphériques. Les HAP sont un élément important de la problématique de la contamination historique de la rivière. Des carottes de sédiments indiquent que la contamination a débuté en 1930, ce qui correspond approximativement au début des opérations des alumineries d'Arvida (1937) et d'Isle-Maligne (1943). Une diminution de la contamination a été constatée depuis les années 1970 coïncidant avec le début des mesures d'assainissement des rejets liquides et atmosphériques.
Un certain nombre de HAP possèdent des propriétés mutagènes. Le benzo (a) pyrène B[a]P, un type de HAP, a été identifié comme étant cancérogène. Ce dernier a été détecté chez le Béluga et le Phoque commun du Saint-Laurent qui sont présentement les seuls mammifères marins fréquentant régulièrement le Fjord du Saguenay. Comme ils se situent en haut de la chaîne alimentaire, ils constituent la population aquatique la plus contaminée.
L’étude " Projet d’évaluation de risque pour les populations exposées aux HAP " de 1999 n’a pas été concluante. En effet, compte tenu du nombre imposant de variables, il a été impossible d’établir, hors de tout doute, une relation de cause à effet et d’instaurer des normes fixes. Actuellement, la Loi sur la qualité de l’environnement (LEQ) ne contient pas de norme sur les rejets liquides et atmosphériques s’appliquant spécifiquement à l’industrie de l’aluminium. Le MENVQ établit des directives particulières pour chaque usine.
De plus, en janvier et décembre 2000, il y a eu coup sur coup deux sorties publiques sur la piètre qualité de l'air et de l'eau de consommation pour la région Saguenay-Lac-St-Jean. Au niveau de la qualité de l'air ambiant, le rapport indique que les échantillons pris entre 1987 et 1997 à la station de surveillance de Jonquière se classe parmi les stations canadiennes ayant les plus hautes concentration de HAP, dioxines et furannes présent dans l'air.
De son côté, Environnement Canada a effectué depuis 2 ans une campagne d’échantillonnage ciblée à l’aide de bio-indicateur permettant de caractériser et d’identifier les sources des émissions de dioxine et furanne dans la région de Jonquière. Le résumé de l’étude publiée en février 2002, conclut que parmi les sources probables de dioxines et furannes à Jonquière, mentionnons le chauffage au bois, le brûlage de déchets à ciel ouvert, le trafic routier et certaines installations industrielles. L’étude recommande de mesurer les émissions des ferrailleurs et des recycleurs qui récupèrent le métal en chauffant les câbles et les moteurs électriques.
Le comité ZIP Alma-Jonquière continu de suivre ce dossier, sans toutefois sièger sur un comité particulier.